為了更有效地助力疫情防控，迪安診斷依托三代納米孔（Nanopore）測序技術(shù)平臺，快速開發(fā)了兩步法長片段新冠病毒全基因組靶向測序流程，通過優(yōu)化引物和擴增條件，使得最終的擴增產(chǎn)物覆蓋病毒的整個基因組，擴增子的平均長度可達8000bp，充分發(fā)揮Nanopore平臺對于長片段測序的優(yōu)勢，可快速高效地獲取新冠病毒全基因組序列信息。
新冠病毒全基因組靶向測序全流程
迪安診斷兩步法長片段新冠病毒全基因組靶向測序，利用疊瓦式原理設計針對病毒基因組序列的PCR擴增引物，利用隨機引物和oligo（dT）對病毒正鏈RNA進行逆轉(zhuǎn)錄，隨后利用多重引物對目標序列進行靶向富集，結(jié)合三代納米孔測序技術(shù)進行實時測序分析。獲得的序列信息通過三代測序組裝工具canu結(jié)合自主研發(fā)的生信流程進行組裝、比對和分析，最大可能還原完整基因組序列，最后使用Pangolin軟件實現(xiàn)新冠病毒快速分型。
產(chǎn)品優(yōu)勢
1.操作簡單，無需病毒分離，逆轉(zhuǎn)錄后一次性擴增即可獲得新冠病毒基因組序列；
2.適配三代測序平臺，實時快速，分辨率高；
3.數(shù)據(jù)量要求低，僅需1%的宏基因組測序數(shù)據(jù)量。
新冠病毒全基因組靶向測序檢測結(jié)果示例
星號代表檢測樣本所處的位置，該樣本中新冠病毒序列和BF.7.3較為接近，結(jié)果僅供參考。
新冠病毒全基因組測序的意義
我國新冠疫情防控策略優(yōu)化之后，中國疾控中心病毒病所根據(jù)多個新冠病毒亞型在我國共循環(huán)的現(xiàn)實情況，制定了《我國人群新冠病毒變異株監(jiān)測工作方案》。通過本方案的實施，可以實時動態(tài)監(jiān)測新冠病毒奧密克戎系列變異株在中國流行的動態(tài)及其各個亞型的構(gòu)成比例，具有潛在生物學特性改變的新變異株，包括臨床表現(xiàn)、傳播力、致病力等，為疫苗研制、診斷試劑評價（包括核酸和抗原等)提供科學依據(jù)。
迪安診斷此次開發(fā)的長片段三代靶向測序流程對于今后新冠病毒的毒株型別和來源的辨別，毒株基因變異位點的解析，疫情溯源和精準防控具有重要的意義。
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