該多中心研究項目由蘇州大學附屬第一醫院牽頭，南京鼓樓醫院、江蘇省人民醫院、徐州醫科大學附屬醫院等十所江蘇省三級甲等醫院共同參與。本次研究成果的發表，為迪安診斷三代病原檢測產品的應用提供了堅實的研究數據支持。
研究背景
感染性疾病在全球范圍內是導致發病和死亡的重要原因之一，其特點表現為傳播速度快、病因多樣復雜以及可能累及多個身體部位。由于這類疾病的病因診斷難度大、病原體鑒別不易，使得臨床在制定抗感染治療方案時面臨挑戰。針對感染性疾病的臨床痛點，實現對病原體的快速且精準的鑒別，并基于此助力臨床開展有效的抗感染治療是關鍵。
當前，盡管基于培養的傳統微生物檢測仍然是臨床病原學鑒定的金標準，尤其是在細菌和真菌檢測方面；但這種技術存在諸如檢測周期長、無法全面覆蓋所有潛在病原微生物等局限性。為此，病原體宏基因組檢測（NGS）技術應運而生，并被眾多臨床指南采納為金標準培養法的重要補充手段。其中，納米孔（Nanopore）測序技術作為三代測序技術的代表，具有長讀長、實時數據輸出、設備便攜和成本效益高等優勢，在臨床感染性疾病輔助診斷中展現出巨大潛力。
進行關于納米孔測序技術在真實世界研究中的診斷性能評估，對于驗證和推廣三代測序技術在感染性疾病臨床實踐中的應用價值至關重要。
研究方法
該研究收集來自臨床的297例疑似感染性疾病的病灶部位液體標本，標本類型包括支氣管-肺泡灌洗液、中段尿、腦脊液、血液等7種（圖1），探究基于Nanopore平臺的病原體宏基因檢測技術，在真實臨床場景下針對各感染部位的疾病診斷性能。
圖1：研究設計和入組標本分布
研究結果
Nanopore測序與培養檢測的陽性率和臨床一致性
如表1所示，Nanopore測序與培養檢測的總體陽性率分別為67.34%與33.95%，臨床一致性分別為 67.34%與44.65%。就不同類型的樣本而言，幾乎所有類型的樣本，Nanopore測序的陽性率和臨床一致性都更強，特別是支氣管-肺泡灌洗液（BALF）和深部痰液，Nanopore測序的表現均為培養法的兩倍以上。
表1：Nanopore測序vs培養檢測的陽性率和臨床一致性表現
Nanopore測序的微生物分布特征
從微生物定植部位采集的樣本（中段尿液、支氣管-肺泡灌洗液、深部痰液）中，Nanopore測序總共檢出42個屬（Genus），其中有66.7%（24/42）的臨床相關性低于50%。這提示我們，對于微生物定植部位來說，在解讀微生物定植部位的測序結果時，臨床判定至關重要。
對于正常生理條件下無菌部位采集的體液標本（腦脊液、漿膜腔積液、血液、膿液），與定植部位相比，測序檢出的微生物更可能被判定為病原體。針對此類樣本檢出的細菌、真菌以及病毒，它們的臨床相關性分別為84.0%、60%和40%。
圖2：Nanopore測序所得微生物屬水平（Genus）的分布及其臨床相關性
Nanopore測序的檢測性能
如表2結果顯示，在采用臨床復合標準評價時，Nanopore測序在所有297例標本的平均靈敏度可達89.7%（95%CI 84.1-93.5%），平均特異性約為 69.0%（95%CI 59.5-77.2%）。
就各標本類型的檢測表現，微生物定植部位標本的檢測靈敏度均為100%，特異性則相對低于平均水平（14.3-50.0% vs 69.0%）。這可能是由于這些部位存在定植微生物，因此在疑似感染的臨床場景下，病灶部位標本的真陰性（TN）結果較少所致。
無菌部位的體液標本，膿液和腦脊液的Nanopore測序均表現較高的靈敏度（95.7%和88.2%）和特異性（100%和95.7%）。血液和漿膜腔積液樣本的靈敏度和特異性分別為77.6%、62.5%和66.7%、81.3%，與已發表的mNGS檢測（Illumina平臺）性能持平。
表2：Nanopore測序在各標本類型中的檢測性能
研究總結
綜上所述，本研究通過納入來自十個臨床中心的7種感染性液體標本，為Nanopore測序在實際臨床場景中的應用提供了證據。與培養法相比，Nanopore測序能檢測到更多種類的微生物，但其臨床相關性需要結合臨床判定。對于無菌部位，Nanopore測序出色的診斷性能可為病原體鑒定和抗菌治療提供證據。
此外，Nanopore測序對新發病原體（如新型冠狀病毒）、復雜感染和機會致病性微生物感染的診斷和管理具有重要價值，還能為臨床醫生在培養結果陰性時、抗感染藥物的選擇提供參考。
